Modern till en autistisk pojke blir mördad i sitt hem. Den elvaårige pojken, Jack, hittas i huset med mordvapnet i handen och klarar inte av att kommunicera med omgivningen. Men Martin Beck och hans kollegor misstänker snart att fallet inte är så solklart som det först verkat. "Pojken i glaskulan" är den femtonde filmen i serien med Peter Haber som Beck.