En liten flicka springer ut i vägen och blir påkörd av en bil. Bakom ratten sitter polisen Gunvald Larsson, som kör för fort. Samtidigt sker en mystiskt sprängning nere i Värtahamnen. Beck och hans kollegor utreder båda händelserna som underligt nog verkar ha ett samband. "Pensionat pärlan" är den femte ”Beck”-filmen med Peter Haber och Mikael Persbrandt i huvudrollerna.