Plötsligt bryter sig en grupp tungt beväpnade män in hos polisens infiltratör, Frank Wagner. Han reagerar snabbt och lyckas fly med sin familj till den ende han nu kan lita på: Johan Falk. Samtidigt sker ytterligare attacker i Göteborg, mot både gangsterledare och poliser. "Kodnamn: Lisa" är den femtonde filmen om Johan Falk.